Les tortues terrestres sont souvent porteuses de parasites intestinaux, ces infestations peuvent être sévères mais rester complètement inaperçues jusqu'à ce que la tortue soit en danger. En général, les parasites ne se manifestent que par la présence d'œufs microscopiques dans les excréments, rendant leur détection difficile. Ce n'est que lorsque l'infestation est avancée, et que la tortue est fortement affaiblie, que l'on peut voir des vers adultes dans les selles ou la bouche.
Les tortues se contaminent principalement par leur alimentation, par contact avec d'autres animaux, ou en ingérant de la terre lorsqu'elles sont laissées dans le jardin. Certains parasites, comme les oxyures et ceux du genre Balantidium, sont relativement inoffensifs, mais d'autres peuvent provoquer des régurgitations, des colites, des prolapsus du côlon (descente d'organes) et, de manière plus générale, entraîner un amaigrissement, un affaiblissement et une perte d'appétit chez la tortue. Les parasites les plus courants sont les oxyures, les ascaris, ainsi que les protozoaires comme les coccidies et les flagellés.
En règle générale, les parasites ne provoquent pas de symptômes marqués chez les tortues, qui ne tombent malades qu'en cas d'immunodépression ou d'une infection combinée avec une bactérie ou un virus. Dans la majorité des cas, ces problèmes surviennent en raison d'un environnement inadéquat. La meilleure prévention consiste donc à fournir des conditions de vie appropriées à votre tortue. Un cas typique où le parasitisme peut devenir problématique est durant l'hibernation, période durant laquelle les défenses immunitaires de la tortue sont affaiblies. Il est donc crucial de vermifuger votre tortue un mois avant l'hibernation (Septembre, elle hibernent à partir d'octobre-novembre). En pratique, un examen des selles (coproscopie) réalisé par un vétérinaire permet de déterminer le vermifuge le plus approprié.